Ættum ekki að óttast stökkbreytingar veirunnar Kristín Ólafsdóttir skrifar 14. apríl 2020 11:41 Starfsfólk veirufræðideildar Landspítala að störfum í kórónuveirufaraldri. Ljósmynd/Landspítali/Þorkell Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér. Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Fólk þurfi að gæta sín þegar það leigir íbúðina út í ágúst Innlent Kominn með nóg af tímasetningu lögreglu Innlent Geirdís geti leitað á tjaldsvæði og greitt markaðsverð Innlent Friðarsamkomulag verði undirritað á morgun Erlent Fleiri hlynntir en andvígir samkvæmt nýrri könnun Innlent Límdu efnin á fætur sína Innlent Skjálfti í Bárðarbungu að stærð 4,8 Innlent Húðlæknir bregst við brúnkutískunni Innlent „Þú getur ekkert forðað þér, það verður bara að takast á við þetta“ Innlent Áfall fyrir bæjarfélagið Innlent Fleiri fréttir Fólk þurfi að gæta sín þegar það leigir íbúðina út í ágúst Skjálfti í Bárðarbungu að stærð 4,8 Límdu efnin á fætur sína Kominn með nóg af tímasetningu lögreglu Fleiri hlynntir en andvígir samkvæmt nýrri könnun Geirdís geti leitað á tjaldsvæði og greitt markaðsverð Krapvélar í yfirvinnu í góða veðrinu Bandaríkjastjórn lokar á aðgang erlendra ríkisborgara Áfall fyrir bæjarfélagið „Okkur er gert að vera áfram í drullusvaðinu á Sævarhöfða“ Lokað vegna skorts á starfsleyfi „Við horfum bjartsýn fram á veg“ Þrjár aflýsingar hjá Icelandair Hægt að skoða þyrlur og sprengjuleitarbúnað Gæslunnar Viðgerð Herjólfs dregst um þrjár vikur: „Vonum að þetta fari nú að verða búið“ Tilgangslaust stríð og æfir hjólabúar „Þú getur ekkert forðað þér, það verður bara að takast á við þetta“ Hlaðvarparar hrósa sigri: „Logi er greinilega nettur gæi“ Bein útsending: Brautskráning Háskóla Íslands Húðlæknir bregst við brúnkutískunni Þremur skemmtistöðum lokað í sameiginlegum aðgerðum Eldhaf gaus upp í vélarrúmi og skipið rak í þrjá tíma Sæbrautargátan leyst: Það er 58, ekki 60 - en samt ekki alveg Ríkisstjórnin ýmist bensínlaus bátur eða á leikskóla í platheimi Friðarsamkomulag, rauð ljós á Sæbraut og ógeðfelldar lýsingar í dómsal Njósnarar enn í lögsögunni Felldi loks tár þegar andlát eiginmannsins var rætt „Af hverju má ég vera í Hveragerði en Grindvíkingar ekki í Grindavík?“ Hittust átta sinnum til að úrskurða um risaeðlubeinin Bólar ekkert á ályktun ungra miðflokksmanna Sjá meira
Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér.
Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Fólk þurfi að gæta sín þegar það leigir íbúðina út í ágúst Innlent Kominn með nóg af tímasetningu lögreglu Innlent Geirdís geti leitað á tjaldsvæði og greitt markaðsverð Innlent Friðarsamkomulag verði undirritað á morgun Erlent Fleiri hlynntir en andvígir samkvæmt nýrri könnun Innlent Límdu efnin á fætur sína Innlent Skjálfti í Bárðarbungu að stærð 4,8 Innlent Húðlæknir bregst við brúnkutískunni Innlent „Þú getur ekkert forðað þér, það verður bara að takast á við þetta“ Innlent Áfall fyrir bæjarfélagið Innlent Fleiri fréttir Fólk þurfi að gæta sín þegar það leigir íbúðina út í ágúst Skjálfti í Bárðarbungu að stærð 4,8 Límdu efnin á fætur sína Kominn með nóg af tímasetningu lögreglu Fleiri hlynntir en andvígir samkvæmt nýrri könnun Geirdís geti leitað á tjaldsvæði og greitt markaðsverð Krapvélar í yfirvinnu í góða veðrinu Bandaríkjastjórn lokar á aðgang erlendra ríkisborgara Áfall fyrir bæjarfélagið „Okkur er gert að vera áfram í drullusvaðinu á Sævarhöfða“ Lokað vegna skorts á starfsleyfi „Við horfum bjartsýn fram á veg“ Þrjár aflýsingar hjá Icelandair Hægt að skoða þyrlur og sprengjuleitarbúnað Gæslunnar Viðgerð Herjólfs dregst um þrjár vikur: „Vonum að þetta fari nú að verða búið“ Tilgangslaust stríð og æfir hjólabúar „Þú getur ekkert forðað þér, það verður bara að takast á við þetta“ Hlaðvarparar hrósa sigri: „Logi er greinilega nettur gæi“ Bein útsending: Brautskráning Háskóla Íslands Húðlæknir bregst við brúnkutískunni Þremur skemmtistöðum lokað í sameiginlegum aðgerðum Eldhaf gaus upp í vélarrúmi og skipið rak í þrjá tíma Sæbrautargátan leyst: Það er 58, ekki 60 - en samt ekki alveg Ríkisstjórnin ýmist bensínlaus bátur eða á leikskóla í platheimi Friðarsamkomulag, rauð ljós á Sæbraut og ógeðfelldar lýsingar í dómsal Njósnarar enn í lögsögunni Felldi loks tár þegar andlát eiginmannsins var rætt „Af hverju má ég vera í Hveragerði en Grindvíkingar ekki í Grindavík?“ Hittust átta sinnum til að úrskurða um risaeðlubeinin Bólar ekkert á ályktun ungra miðflokksmanna Sjá meira
Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52
Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41
Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09