Ættum ekki að óttast stökkbreytingar veirunnar Kristín Ólafsdóttir skrifar 14. apríl 2020 11:41 Starfsfólk veirufræðideildar Landspítala að störfum í kórónuveirufaraldri. Ljósmynd/Landspítali/Þorkell Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér. Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Verjanda Helga Bjarts nóg boðið Innlent Afleiðingarnar af systkinabroti séu verri en brotið sjálft Innlent Launahækkun Höllu illskiljanleg Innlent Faðirinn skaut sjö börn sín til bana og eitt til viðbótar Erlent Föst í Herjólfi í korter eftir langa ferð frá Eyjum Innlent Stór skálfti í Japan og flóðbylgjuviðvörun gefin út Erlent Þórdís Kolbrún skipuð sendiherra Innlent Vinstrið eygir þrjá borgarfulltrúa og sjálfstæðismenn þann sjöunda Innlent Nánast búin með stafrófið Innlent Stjórnvöld í Tehran sögð orðin afhuga samningaviðræðum Erlent Fleiri fréttir Þórdís Kolbrún skipuð sendiherra Nánast búin með stafrófið Útlit fyrir flókna meirihlutamyndun í borginni Launahækkun Höllu illskiljanleg Verjanda Helga Bjarts nóg boðið Mandarínönd heillar við Hamarkotslæk Öll tólf mánaða börn fá leiksskólapláss í Kópavogi Vilja að fullorðnir lofi að búa til rými þar sem börn geta sagt frá Vinstrið eygir þrjá borgarfulltrúa og sjálfstæðismenn þann sjöunda Bein útsending: Samtal um atvinnustefnu og aðgerðir í þágu verðmætasköpunar Afleiðingarnar af systkinabroti séu verri en brotið sjálft Sagðist ætla að kveikja í hundi áður en hann rændi gull- og demantsmunum Föst í Herjólfi í korter eftir langa ferð frá Eyjum Skýringar manns sem vildi „endurvekja þýsku sturturnar“ héldu ekki vatni Nánast hreint kókaín í umferð en ekkert fentanyl Ofsaakstur um allt höfuðborgarsvæðið Nám Hildar sé merkilegra en menntunarfræði leikskóla „Ég sé engin rök fyrir því“ „Það er bara frekar slæmt ástand“ Inga sendir boltann á sveitarfélögin „Hver hefur reynslu af því að byrla eiginkonu sinni?“ Vill verja hundruðum milljóna í þegar dýrt leikskólakerfi „Eitthvað það tilgerðarlegasta og hallærislegasta sem ég hef séð“ Þúsundir karla byrla eiginkonum sínum og nauðga Inga of upptekin til að funda: „Við höfum ekki fjármagn, engan stuðning“ „Lóa í Víðum“ sveitarstjóraefnið Aðildar- eða aðlögunarviðræður, djúptækni og tekist á í borginni Innbrot í kirkju og slagsmál í strætisvagni Flugvél lenti á hvolfi í Mosfellsbæ Grunaður í tengslum við eld á heimili eiginkonu sinnar Sjá meira
Ekki ber að óttast stökkbreytingar á nýju kórónuveirunni, sem veldur Covid-19-sjúkdómnum, heldur nota þær til að varpa ljósi á smitleiðir og framvindu faraldursins. Þetta kemur fram í umfjöllun Arnars Pálssonar, erfðafræðings og prófessor í lífupplýsingafræði við Háskóla Íslands, á Vísindavefnum. „Þegar talað er um afbrigði kórónuveirunnar sem veldur Covid-19 er vísað í hópa sem greina má að vegna mismunandi erfðabreytileika,“ segir í umfjölluninni. Talsvert hefur verið fjallað um stökkbreytingar veirunnar, sem á upptök sín í kínversku borginni Wuhan. Þannig hefur ítrekað verið vísað í niðurstöður kínverskrar rannsóknar, þar sem skilgreind voru tvö afbrigði veirunnar út frá algengum stökkbreytingum; L og S. Ekki eru þó talin næg gögn til staðar til að slá því föstu að um mismunandi afbrigði sé að ræða, að sögn Jóns Magnúsar Jóhannessonar, sérnámslæknis á Landspítalanum. Stökkbreyting snemma í ferlinu merkir alla afkomendur Arnar bendir á í umfjöllun sinni að veiran hafi „stokkið einu sinni úr dýri yfir í mann, einhvern tímann undir lok ársins 2019,“ líkt og komið hefur fram. Þar er að finna rót ættartrés þessarar tilteknu veiru og allar veirurnar sem valdið hafa faraldrinum eru afkomendur hennar. „Allar veirur sem berast frá sýktum einstaklingi bera afrit erfðamengis veirunnar sem sýkti þann einstakling, með nokkrum frávikum vegna stökkbreytinga,“ segir Arnar. Hver sýktur einstaklingur sýki að meðaltali tvo til fjóra einstaklinga – og í hverri veirukynslóð verði einhverjar stökkbreytingar á erfðaefni veiranna. „Stökkbreytingar ber ekki að óttast heldur nota til að rekja smitið. Stökkbreyting sem varð í veiru snemma í faraldrinum merkti alla afkomendur hennar. Stökkbreyting sem verður seinna auðkennir undirhóp sem er kominn frá tiltekinni veiru,“ segir Arnar, og vísar jafnframt í þessu samhengi í grein veiru- og líffræðinga um breytileika í veirunni sem kom út í tímaritinu Nature Microbiology snemma í febrúar. Þá má sjá breytileikann útskýrðan á meðfylgjandi mynd. Stökkbreytingar á erfðaefni veiru sem berst milli einstaklinga (gráir hringir) má nota til að rekja smitið. Ættartré veiranna endurspeglar smitsöguna. Myndin sýnir einfaldað tilfelli. Sýndir eru litningar 5 gerða af veiru, sem eru ólíkir vegna 7 stökkbreytinga (litaðar línur). Þessir litningar mynda þá fimm ólíkar setraðir (e. haplotypes) sem einnig má kalla afbrigði. Sumar stökkbreytingar eru eldri (og finnast í tveimur eða fleiri gerðum), en aðrar yngri og finnast bara í einni gerð.Vísindavefurinn „Ef veira greinist í einstaklingi sem ekki er vitað hvernig smitaðist, er hægt að raðgreina erfðamengi veirunnar og máta það við þær þúsundir erfðamengja sem nú eru þekkt. Þannig var hægt að komast að því að hvaðan veirurnar sem bárust til Íslands komu. Smitið barst snemma með fólki sem kom frá Austurríki, en greinilegt var að það kom einnig frá nokkrum öðrum löndum,“ segir í umfjöllun Arnars. Í lok mars hafði Íslensk erfðagreining raðgreint um 40 stökkbreytingar af veirunni í skimun sinni hér á landi. Þá hafði einn einstaklingur greinst hér á landi með tvenns konar stökkbreytingu veirunnar. Ekkert bendir þó til þess að svo stöddu að hægt sé að sýkjast aftur af veirunni. Engin gögn sýna að munur á milli „afbrigða“ veirunnar breyti nokkru varðandi dreifingu, einkenni eða alvarleika veikinda. Umfjöllun Arnars á Vísindavefnum má nálgast í heild hér.
Faraldur kórónuveiru (COVID-19) Heilbrigðismál Tengdar fréttir Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52 Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41 Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09 Mest lesið Verjanda Helga Bjarts nóg boðið Innlent Afleiðingarnar af systkinabroti séu verri en brotið sjálft Innlent Launahækkun Höllu illskiljanleg Innlent Faðirinn skaut sjö börn sín til bana og eitt til viðbótar Erlent Föst í Herjólfi í korter eftir langa ferð frá Eyjum Innlent Stór skálfti í Japan og flóðbylgjuviðvörun gefin út Erlent Þórdís Kolbrún skipuð sendiherra Innlent Vinstrið eygir þrjá borgarfulltrúa og sjálfstæðismenn þann sjöunda Innlent Nánast búin með stafrófið Innlent Stjórnvöld í Tehran sögð orðin afhuga samningaviðræðum Erlent Fleiri fréttir Þórdís Kolbrún skipuð sendiherra Nánast búin með stafrófið Útlit fyrir flókna meirihlutamyndun í borginni Launahækkun Höllu illskiljanleg Verjanda Helga Bjarts nóg boðið Mandarínönd heillar við Hamarkotslæk Öll tólf mánaða börn fá leiksskólapláss í Kópavogi Vilja að fullorðnir lofi að búa til rými þar sem börn geta sagt frá Vinstrið eygir þrjá borgarfulltrúa og sjálfstæðismenn þann sjöunda Bein útsending: Samtal um atvinnustefnu og aðgerðir í þágu verðmætasköpunar Afleiðingarnar af systkinabroti séu verri en brotið sjálft Sagðist ætla að kveikja í hundi áður en hann rændi gull- og demantsmunum Föst í Herjólfi í korter eftir langa ferð frá Eyjum Skýringar manns sem vildi „endurvekja þýsku sturturnar“ héldu ekki vatni Nánast hreint kókaín í umferð en ekkert fentanyl Ofsaakstur um allt höfuðborgarsvæðið Nám Hildar sé merkilegra en menntunarfræði leikskóla „Ég sé engin rök fyrir því“ „Það er bara frekar slæmt ástand“ Inga sendir boltann á sveitarfélögin „Hver hefur reynslu af því að byrla eiginkonu sinni?“ Vill verja hundruðum milljóna í þegar dýrt leikskólakerfi „Eitthvað það tilgerðarlegasta og hallærislegasta sem ég hef séð“ Þúsundir karla byrla eiginkonum sínum og nauðga Inga of upptekin til að funda: „Við höfum ekki fjármagn, engan stuðning“ „Lóa í Víðum“ sveitarstjóraefnið Aðildar- eða aðlögunarviðræður, djúptækni og tekist á í borginni Innbrot í kirkju og slagsmál í strætisvagni Flugvél lenti á hvolfi í Mosfellsbæ Grunaður í tengslum við eld á heimili eiginkonu sinnar Sjá meira
Smitum fjölgar á norðanverðum Vestfjörðum Tveir einstaklingar með tengsl við hjúkrunarheimilið Berg í Bolungarvík, greindust í gær með Covid-19. Smitum heldur áfram að fjölga á norðanverðum Vestfjörðum. 14. apríl 2020 10:52
Morgunþáttur til rannsóknar vegna ummæla um 5G og kórónuveiruna Breska fjarskipta- og fjölmiðlastofnunin, Ofcom, leggur nú mat á hvort að þáttastjórnandi þar í landi hafi farið á svig við siðareglur með vangaveltum sínum um möguleg tengsl kórónuveirunnar og 5G-símamastra. 14. apríl 2020 10:41
Var heima í 44 daga vegna Covid-19: „Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ „Ég man ekki mikið eftir hvað var sagt í þeim símtölum og ég gat ekkert talað án þess að fá óstjórnlegan hósta. Ég man þó að í einhver skipti grét ég í símann af vanlíðan og algjöru vonleysi. Aldrei á allri minni ævi hefur mér liðið jafn illa.“ 13. apríl 2020 16:09