Atli kom upphaflega til KR frá Þór Ak. 2012 en fór til Breiðabliks 2015. Atli sneri aftur í Vesturbæinn 2017 en var lánaður til Þórs seinni hluta tímabilsins.
Hann hefur síðan leikið með KR frá 2018 og verið í stóru hlutverki hjá liðinu. Alls hefur Atli leikið 238 leiki í efstu deild, þar af 188 fyrir KR, og skorað 36 mörk. Á síðasta tímabili lék hann 23 af 27 leikjum KR-inga í Bestu deildinni og skoraði fjögur mörk.
Atli, sem er 33 ára, varð Íslandsmeistari með KR 2013 og 2019 og bikarmeistari 2012 og 2014.
KR endaði í 8. sæti Bestu deildarinnar í fyrra. Liðið mætir KA fyrir norðan í 1. umferð Bestu deildarinnar 6. apríl.
